La historia de Naruto comienza en una Aldea llamada “Aldea Oculta de Konoha” (hoja), una Aldea habitada por ninjas, al igual que muchas otras Aldeas colindantes. En esta aldea se encuentra Uzumaki Naruto, un chico con un gran sueño. El sueño de Naruto no es solo convertirse en un ninja y comenzar su entrenamiento como tal, sino también convertirse en un maestro HOKAGE y que todo el mundo reconozca su fuerza y destreza. Naruto es huérfano y por alguna razón la gente de la villa no le hace ningún caso, excepto su sensei Iruka. Al llegar el día en que debe examinarse para convertirse en un autentico ninja y comenzar con el entrenamiento, descubre quien es el realmente. (La aldea fue atacada hace años por un demonio zorro de nueve colas, legendario e inmortal, que arraso toda la aldea. Pero este demonio fue domado y sellado por el cuarto maestro de los Hokage, el cual tuvo que dar su vida para ello. El maestro Hokage tuvo que sellar al demonio dentro de el cuerpo de Naruto cuando este era un bebe).
Para el entrenamiento Naruto tiene que hacer equipo con otros dos ninjas de su edad, Sasuke y Sakura (Sakura es la niña de sus ojos y Sasuke su máximo rival ninja y como persona porque Sakura solo piensa en Sasuke, el humor esta servido ^^), y junto con su maestro ninja Kakashi Hatake, viven aventuras a lo largo de su duro entrenamiento pero no solo en los alrededores de la aldea oculta de la konoha, sino también por todo el continente en el cual se encuentra dicha aldea.